После приобретения независимости политическая основа таджикско-кыргызским отношениям была заложена 14 января 1993 года подписанием Протокола «Об установлении дипломатических отношений между Республики Таджикистан и Кыргызской Республикой».
С момента установления дипломатических отношений таджикско-кыргызские двусторонние отношения традиционно строились в русле взаимовыгодного сотрудничества и в целом успешно развиваются в политической, торгово-экономической, научно-технической, культурной и иных сферах. Для них характерно постоянное присутствие духа взаимного доверия, полное совпадение или близость позиций по многим актуальным международным и региональным проблемам, представляющим взаимный интерес.
Таджикистан и Кыргызстан, выступая за дальнейшее углубление и расширение двустороннего сотрудничества, учредили Межгосударственный Координационный Совет Республики Таджикистан и Кыргызской Республики, первое заседание которого прошло 27-28 мая 2013 года в г. Бишкек, и Совет Министров иностранных дел Республики Таджикистан и Кыргызской Республики (первое заседание состоялось 6 августа 2009 года в городе Душанбе). Данные структуры создают эффективный механизм решения приоритетных вопросов и вывода двусторонних отношений на качественно новый уровень.
Политические контакты между Республикой Таджикистан и Кыргызской Республикой в целом успешно развиваются как на двусторонней, так и многосторонней основе.
Приоритеты политических контактов двух стран просматриваются в контексте таких общих задач, как укрепление безопасности и стабильности в регионе, содействие дальнейшему развитию интеграционных процессов. За прошедший период имели место многочисленные двусторонние контакты глав двух государств, в ходе которых обсуждались вопросы дальнейшего развития двусторонних связей и координации позиций двух государств по актуальным вопросам международного и регионального характера.
К основным этапам развития двусторонних таджикско-кыргызских связей после установления дипломатических отношений между двумя странами относятся следующие события:
- январь 1993 года, рабочий визит Главы таджикского государства Эмомали Рахмона в Кыргызскую Республику;
- июль 1996 года, официальный визит Президента Кыргызской Республики А. Акаева в Республику Таджикистан;
- май 1998 года, официальный визит Президента Республики Таджикистан Эмомали Рахмона в Кыргызскую Республику;
- май 2004 года, официальный визит Президента Кыргызской Республики А. Акаева в Республику Таджикистан;
- май 2008 года, рабочий визит Президента Кыргызской Республики К. Бакиева в Согдийскую область Республики Таджикистан;
- июль 2010 года, встреча Президента Республики Таджикистан Эмомали Рахмона с Президентом Кыргызской Республики Р.Отунбаевой в рамках 27-го заседания Межгосударственного Совета ЕврАзЭС в городе Астана;
- ноябрь 2010 года, встреча Президента Республики Таджикистан Эмомали Рахмона с Президентом Кыргызской Республики Р.Отунбаевой в рамках заседания Совета глав правительств государств-членов ШОС в городе Душанбе;
- май 2013 года, официальный визит Президента Республики Таджикистан Эмомали Рахмона в Кыргызскую Республику;
- 1-2 февраля 2018 года по приглашению Президента Таджикистана Э.Рахмона состоялся официальный визит Президента Кыргызстана С.Жээнбекова в Таджикистан;
- 14 июня 2019 года, встреча Президента Республики Таджикистан Эмомали Рахмона с Президентом Кыргызской Республики С.Жээнбековым в рамках заседания Совета глав правительств государств-членов ШОС в городе Бишкек;
- 28 ноября 2019 года, встреча Президента Республики Таджикистан Эмомали Рахмона с Президентом Кыргызской Ремпублики С. Жээнбековым в рамках очередного заседания Совета коллективной безопасности Организации Договора о коллективной безопасности (ОДКБ) в городе Бишкек;
26-27 июля 2019 года встреча Президента Республики Таджикистан Эмомали Рахмона с Президентом Кыргызской Республики С.Жээнбекоым в рамках рабочего визита в пограничном районе Ворух-Аксой и в г. Чолпон-Ате.
Приоритеты политических контактов двух стран просматриваются в контексте таких общих задач, как укрепление безопасности и стабильности в регионе, содействие дальнейшему развитию интеграционных процессов.
Важное значение придается сотрудничеству в рамках ООН, ОБСЕ, СНГ, ОДКБ, ШОС, МФСА, финансовых институтов и других международных и региональных организаций, в которых участвуют Таджикистан и Кыргызстан.
Договорно-правовая база двусторонних таджикско-кыргызских отношений обеспечивает солидный правовой фундамент для дальнейшего укрепления сотрудничества Таджикистана и Кыргызстана.
Основополагающими документами, регулирующими главные направления, в которых определены основные принципы двусторонних отношений, являются подписанные в городе Душанбе Договор об основных межгосударственных отношениях между Республикой Таджикистан и Кыргызской Республикой от 12 июля 1996 года и Договор между Республикой Таджикистан и Кыргызской Республикой о добрососедских и партнерских отношениях от 26 мая 2004 года.
В торгово-экономических отношениях между нашими странами прослеживается тенденция их определенного расширения.
С началом работы Межправительственной комиссии по комплексному рассмотрению двусторонних вопросов, учрежденной 12 июля 1997 года, процесс развития двусторонних таджикско-кыргызских экономических отношений приобрел более четкие ориентиры и имеет тенденцию последовательного нарастания и конкретизации.
Следует отметить, что создание Межправительственной комиссии по комплексному рассмотрению двусторонних вопросов, регулярное проведение ее заседаний стало своего рода мостом для вывода сотрудничества Республики Таджикистан с Кыргызской Республикой на новый уровень развития.
С целью урегулирования пограничных вопросов в 2002 году Сторонами создана Межправительственная комиссия по делимитации и демаркации государственной границы.
В целом, в таджикско-кыргызских отношениях в условиях независимого развития наблюдается взаимное стремление к налаживанию взаимовыгодных связей по различным аспектам сотрудничества, в них присутствует дух взаимного доверия, добрососедства и доброжелательного отношения друг к другу.