В целях развития двусторонних отношений в 2002 году была создана Межправительственная комиссия по торгово-экономическому сотрудничеству между Республикой Таджикистан и Республикой Узбекистан под председательством премьер-министров двух стран.
Торгово-экономические, инвестиционные, транспортные и культурно-гуманитарные вопросы рассматриваются в рамках Межправительственной комиссии по торгово-экономическому сотрудничеству.
С 2002 года проведено 8 заседаний Межправительственной комиссии между Республикой Таджикистан и Республикой Узбекистан. Восьмая встреча прошла 14-15 мая 2021 года в Ташкенте, на которой стороны в свете поручений политических лидеров двух стран обсудили развитие двусторонних отношений и взаимовыгодное сотрудничество во всех процессах экономической, торговой, социальной и политической жизни.
На последнем заседании комиссия рассмотрело 11 вопросов по развитию сотрудничества в области экономики, торговли, инвестиций, сельского хозяйства, водно-энергетического, транспорта, туризма и других сферах социально гуманитарной жизни.