Ба хотири татбиқи созишномаҳои баимзорасида Комиссияи муштараки байниҳукуматии ҳамкории иқтисодӣ, техникӣ ва илмии миёни ду кишвар таъсис дода шуд ва ҳамраиси он Вазири рушди иқтисод ва савдои Ҷумҳурии Тоҷикистон таъйин гардид. Ҷаласаи аввали Комиссияи муштараки байниҳукуматии Ҷумҳурии Тоҷикистон ва Ҷумҳурии Арабии Миср 23-27 январи соли 2009 дар шаҳри Душанбе баргузор гардид.
27-28 ноябри соли 2019 дар Қоҳира иҷлоси дуюми Комиссияи муштараки байниҳукуматии Ҷумҳурии Тоҷикистон ва Ҷумҳурии Арабии Миср роҷеъ ба ҳамкории иқтисодӣ, илмӣ ва фаннӣ баргузор гардид, ки дар он аз ҷониби тоҷикистонӣ Вазири рушди иқтисод ва савдо Неъматулло Ҳикматуллозода ва аз ҷониби мисрӣ Вазири сармоягузорӣ ва ҳамкории байналмилалӣ д-р Саҳар Наср раёсат намуданд. Дар поёни ҳамоиш Протоколи иҷлоси дуюми Комиссияи муштараки байниҳукуматии Тоҷикистон ва Миср роҷеъ ба ҳамкории иқтисодӣ, илмӣ ва фаннӣ ба имзо расид. Илова ба ин, дар чаҳорчӯби иҷлоси Комиссияи муштарак се санади дигари ҳамкорӣ ба имзо расиданд, аз ҷумла:
Заминаи қарордодӣ-ҳуқуқии ҳамкории ду кишварро дар маҷмуъ 9 санад муҳайё месозад, вале ба хотири тавсиа додани он лоиҳаҳои наздики 20 санади дигар дар баррасии ду ҷониб қарор дорад.
Дар заминаи созишномаҳои ҳамкорӣ дар соҳаи маориф, бо истифода аз бурсияҳои давлатӣ табодули муҳассилон ба роҳ монда шудааст ва даҳҳо донишҷӯёни тоҷик дар донишгоҳҳои Қоҳира ва Айни Шамс дар Миср ва теъдоди зиёди донишҷӯён ва аспирантҳои мисрӣ дар Тоҷикистон таҳсил менамоянд.